En 1506 , ce nouvel Hôtel-Dieu allait recevoir les malades tandis que les malheureux atteints de maladies contagieuses continuèrent à être relègué au Férage, dans l'ancien Hôtel-Dieu, où ils avaient leur cimetière, dit "cimetière des pestiférés".
Ce nouvel hospice était composé de deux salles pour coucher les pauvres malades et d'une chapelle attenante dite, chapelle Sainte-Anne.
En 1610 , le prieur de l'hôtel-Dieu (hôpital Sainte-Anne et Saint Nicolas), refusant de rendre <aveu> des biens de l'hôpital à M. de Gourmont, gouverneur de Carentan et conseillé du roi, un procé fut intenté.
25 mai 1635, le prieur Rigault, réclamait la donation du fondateur, Robert Vibert, de deux cents bottes de "feurres"(paille), que le trésor de l'église utilisait pour joncher le sol de l'église les soirs de Noël. Les bourgeois de Carentan réunis en assemblée de paroisse décidèrent que l'hôtel-Dieu était propriétaire de dette paille.
En juin 1679 , un incendie détruisit une bonne partie des faubourgs de Gémare, dont 500 maisons et l'hôtel-Dieu; celui-ci fut reconstruit, mais ne rendait plus les services attendus.
La necessité d'un véritable hôpital se faisant de plus en plus sentir, un jésuite le Père Dunot envoyé par Louis XIV et ayant tous pouvoirs, fit louer à la ville le 11 mai 1683, une maison rue de l'église, appartenant au lieutenant au baillage, cette maison étant destinée aux malades.